Alors que les familles conservatrices toulousaines souhaitent un enseignement dispensé par des ecclésiastiques, le lycée donne le ton dès 1796 avec une orientation très laïque et une large place laissée aux préoccupations civiques (De Picot de Lapeyrouse y enseignait avant de devenir maire de Toulouse et de revendiquer pour sa ville la création d’un Lycée impérial).
Cette laïcité, qui parfois cohabite avec une discipline très militaire, marquera toujours le Lycée qui favorisera les idées libérales et évoluera lentement mais sûrement vers une totale indépendance vis-à-vis de l’église (même si, ponctuellement, un proviseur ecclésiastique est nommé pour tenter de ralentir le départ des « fils de bonne famille » vers l’enseignement privé catholique).